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什麼治療性劑量呢？就是足以長久改變腸道菌群的益生菌劑量，這個劑量對於成人和兒童都不同。Dr. Natasha 在黃本和藍本書都有說明不同年齡層具體的治療性劑量：
- 黃本：《改善情緒障礙的腸道食療聖經》(Gut And Psychology Syndrome) 英文書第 251-252 頁，或繁體中文書第 293-294 頁
- 藍本《Gut And Physiology Syndrome》英文書第 312-313 頁
＊＊請注意，書中列出的是目標劑量，不能一次到位！＊＊
患者一開始要從很小很小的劑量開始，以「漸進緩慢，少量起步」(low and slow) 的原則階梯式引入，這是為了避免劇烈的消亡反應 (die-off reaction)。
以下是以每顆膠囊含 20 億株活菌的治療級益生菌所對應的劑量：
如果患者是健康症狀輕微的成年人：
| 頻率 | 建議劑量 |
| 從每天 1 顆膠囊開始 | 持續 3-5 天 |
| 然後增加到每天 2 顆 | 持續 3-5 天 |
| 以此類推，直到達到治療劑量 (每天 8-12 顆膠囊，具體取決於體型和病情嚴重程度) | 應至少維持 6 個月，以便長久改變腸道菌群。有些人甚至要維持更長時間，具體取決於症狀的改善情況。 |
| 通常是每天 3-4 顆膠囊 | 如果在達到治療劑量 6 個月後，病人感覺良好，而且維持良好狀態至少 4 週，就可以開始減到維持劑量 |
| 如果在增加劑量過程中，消亡反應過於強烈，建議患者停在當前劑量 (或退回上一劑量)，直到消亡反應減弱，再繼續增加劑量。 | 舉例來說，如果患者已經增加到每天 3 顆膠囊，並且幾乎沒有消亡反應，但之後出現劇烈頭痛、睡不安穩或皮膚出疹等症狀，那麼應該停在 3 顆膠囊的劑量 (或回到 2 顆膠囊的劑量) 持續 1-2 週甚至 3 週，直到消亡反應症狀消失，屆時就可以再嘗試逐步增量，每次增加半顆膠囊。 |
如果患者是兒童
| 年齡 | 建議劑量 (無法吞膠囊的寶寶和幼童都可把膠囊打開服用) |
| 0-12 月 | 1-2 億萬菌株/ 天 約 ½-1 顆膠囊 |
| 1-2 歲 | 2-4 億萬菌株/ 天 約 1-2 顆膠囊 |
| 2-4 歲 | 4-8 億萬菌株/ 天 約 2-4 顆膠囊 |
| 4-10 歲 | 8-12 億萬菌株/ 天 約 4-6 顆膠囊 |
| 10-16 歲 | 12-15 億萬菌株/ 天 約 6-8 顆膠囊 |
| 17 歲以上 | 15-20 億萬菌株/ 天 約 8-10 顆膠囊 |
建議從每天 ⅓ -½ 顆膠囊開始，持續一週，再將劑量提升為兩倍，持續一週，以此類推，直到達到年齡對應的治療劑量。若出現消亡反應，劑量增加過程必須放緩，以便控制消亡反應。
對兒童來說，消亡反應的外在表現可能是行為改變、睡不安穩、尿床、皮膚疹、學習能力下降、眼神接觸減少，或是那個孩子典型的症狀。一旦達到適齡劑量，應維持劑量，直到改善至少持續 1 個月，這個過程可能需要 6 個月到 2-3 年。如果兒童在治療劑量下至少保持 1 個月良好狀態，就可以可以開始逐步減量至維持劑量 (通常是日常治療劑量的一半)。
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